Sonic’in tüylerinden sadece bir tanesinin bile sınırsız elektrik enerjisine sahip olduğunu fark eden Dr. Robotnik tüm planları değiştirir ve Sonic’i yakalamayı tek amacı haline getirir. Dr. Robotnik’in yeni planı ise Sonic’i ele geçirmek ve tüylerini de makinelerine enerji kaynağı olarak kullanmaktır. Dr. Robotnik’in bu inanılmaz planından henüz haberi olmayan Sonic ise çok büyük bir tehlikenin eşiğindedir. Ancak Sonic yakında tanıyacağı yeni dostu Tom ve karısı Maddie ile birlikte güçlerini Dr. Robotnik’e karşı birleştirecektir. Dr. Robotnik ise Sonic’i kendine rakip olarak dahi görmeyişinin bedelini sonunda ağır bir şekilde ödeyecektir. Sonic, Dr. Robotnik’in bu tuhaf planını çok geç olmadan fark edebilecek midir?